在清代260余年的统治中，曾有藏传佛教格鲁派（黄教）的两大最高宗教领袖晋京朝觐清廷。这就是顺治九年（1652年）五世达赖阿旺罗桑嘉措（ngag-dbang blo-bzang rgya-mtsho）应邀赴京朝觐顺治皇帝；乾隆四十五年（1780年）六世班禅罗桑贝丹益西（blo-bzang dpal-ldan ye-shes）晋京贺寿，朝觐乾隆皇帝；光绪三十四年（1908年）十三世达赖土登嘉措（thub-bstan rgya-mtsho）晋京求助，朝觐光绪皇帝和慈禧太后。三次朝觐，发生在清朝早、中、晚三个不同历史时期，分别记录了清朝皇帝对西藏宗教上层领袖来京朝觐的关怀和重视以及在西藏所一贯成功推行的宗教政策。因为达赖、班禅的朝觐活动，是西藏宗教史和民族关系史中的大事，彰显了中央政府与西藏地方绵延持久的主属关系和君臣友谊，所以一直为汉、藏史学家们津津称道和记述。
从十五世纪宗喀巴（tsong-kha-pa）发起宗教改革起，一个新教派开始在西藏诞生并日益壮大起来。新教派提出，僧人要斩断世俗各种物欲的诱惑，严持戒律，过出家人的生活；在修习制度上，主张显密兼修，按部就班，循序渐进；学经组织要与经济组织严格分开，摆脱封建主的操纵控制。这些主张，得到了西藏噶举派帕竹政权掌权人扎巴坚赞（grags-pa rgyal-mtshan）的支持。公元1409年正月，扎巴坚赞资助宗喀巴在拉萨创办了首次祈愿法会，吸引万余僧人云集拉萨，听他讲经说法。同年，宗喀巴利用得来的布施，在拉萨东北修建了甘丹寺，作为宣传自己学说的道场。此后，他的弟子们又分别在西藏各地，相继建起了哲蚌（1416年）、色拉（1418 年）、强巴林（1437年）、扎什伦布（1447年）等著名寺院，使新教派的实力和声望迅速扩大。西藏广大僧众支持和拥护宗喀巴的宗教改革，把宗喀巴创立的教派称为格鲁派（藏语意为善律）。因为该派僧人修持时都戴黄色僧帽，以示重振戒律，故人们又把该派称为黄帽派或黄教。
格鲁派在藏传佛教中，形成较晚，可是却后来居上。经过一个多世纪的实力扩张，在全藏已拥有了数量可观的寺院和庄园。聚集了雄厚的寺院财富。为了维护这个新生的寺院集团的特权和经济利益，格鲁派采纳了藏传佛教中噶玛噶举派最先创建的活佛转世制度，用这种传承方式，确保教派中能有一个固定的首领人物来主持内部事务，维护内部团结，对外也可以顶住其他教派和封建主的压力，以利同他们进行角逐和抗衡。这是格鲁派在特定历史环境下，寻求发展实行的特殊制度。于是，在嘉靖二十五年（1546年），当格鲁派的最大寺院哲蚌寺法台根敦嘉措（dge-dun rgya-mtsho）圆寂后，该寺的上层僧侣便找来了年仅三周岁的男童却贝桑布，宣称他是根敦嘉措的转世活佛，迎入哲蚌寺做了该寺的法台，取法名索南嘉措（bsod-nams rgya-mtsho）。这便是格鲁派采取活佛转世制度的开始。以后形成了达赖喇嘛活佛转世系统。索南嘉措成了这一转世系统的第三世达赖喇嘛。
