1644年，清军入关定都北京。顺治皇帝即位，当年即颁敕书迎请达赖入觐。自此，西藏领袖们也遣使入贡不绝。顺治六年（1649年）五世达赖奉表同意于壬辰年夏月朝觐，顺治帝得信后大喜，颁谕曰：“喇嘛来信悉，将于辰年夏动身进京。兹为普渡众生，望于辰年秋会见。特遣使臣多卜藏古西为首六人往请，并随带礼物：金鞍马二匹、镀金茶桶一个、镀金酒樽一个、金百两、银两千两、缎百匹。”并致书四世班禅、固始汗、第巴等人，敦请达赖能按期启程。
顺治九年（1652年）二月，在清朝官员陪同下，五世达赖阿旺罗桑嘉措从拉萨动身，随从者三千人。清廷派专员和护军沿途照料，又命和硕承泽亲王及内大臣等代表皇帝往迎于代噶（今内蒙古凉城）。蒙古诸王公大臣在该地朝拜了达赖喇嘛。十二月，五世达赖奉准乘黄轿入京，顺治皇帝以“田猎”名义，“不期然”与达赖相会于南苑，设大宴为其洗尘，又令亲王、郡王依次设宴款待，还特地重新修建了西黄寺作为达赖喇嘛留京时驻锡之所。达赖携来大量贡品，奉献皇帝，以表恭顺问吉之心。关于五世达赖觐见皇帝情形，《五世达赖喇嘛自传》中曾有如下一段描述：“十六日，我们启程前往皇帝驾前，进入城墙后渐次行进，至隐约可见皇帝的临幸地时，众人下马。但见七政宝作前导，皇帝威严胜过转世王，福德能比阿弥陀。从这里又前往，至相距四箭之地后，我下马步行，皇帝由御座起身相迎十步，握住我的手通过通事问安。之后，皇帝在齐腰高的御座上落座，令我在距他仅一庹远、稍低于御座的座位上落坐。赐茶时，谕令我先饮，我奏称，不敢造次，遂同饮。如此，礼遇甚厚。我进呈了以珊瑚、琥珀、青金石念珠、 蔗糖、唵叭香以及马匹、羔皮各千件为主的贡礼。皇帝询问了卫藏的情况，我们高兴交谈……这位皇帝看起来只有十七岁，虽然显得年轻，但在无数语言各异的人中间，毫不畏缩，像无辔的狮子从容纵横。”
五世达赖在京期间，为王公大臣们讲经说法，接受布施与宴请，顺治皇帝除在南苑为达赖洗尘外，与翌年正月，又两度在紫禁城太和殿设宴款待达赖。席间，有王公大臣陪同，场面宏大。厚赏达赖及随员“金器、彩缎、鞍马等物有差”。
达赖在京不足两个月，固始汗即遣人到京贡方物兼请达赖回藏，达赖也以“此地水土不宜，身既病，从人亦病”为由，请辞归。顺治皇帝答应了达赖的请求，命亲王大臣设宴送行，再赏黄金550两，白银12000两。大缎100匹和其它珠宝、马匹等，皇太后也赏赐黄金 100两、白银1000两、大缎1000匹。如此高的礼遇，令达赖欢心感动，表示今后愿以良策辅佐帝业，逸乐众生。
1653年二月下旬，五世达赖踏上了返乡之路。顺治帝照例派和硕承泽亲王率八旗兵送至代噶。达赖在这里一面等运来之粮饷，同时等待皇帝敇封。四月，皇帝遣礼部尚书、理藩院侍郎携汉、藏、满三体文字的金册、金印赶到代噶，正式册封五世达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。这是清朝中央政府对西藏格鲁派宗教领袖的第一次正式册封，历史意义重大。此后历世达赖喇嘛的转世继位，都要经中央政府的册封批准，遂成为一项定制。
顺治皇帝在册封达赖同时，也没有忘在西藏掌握实权的固始汗，也册封他为“遵行文义敏慧顾实汗”，颁布金册、金印，让他“作朕屏辅，辑乃封圻 ”。这实际承认了蒙古汗王是西藏最高的行政领袖，达赖喇嘛只是“领天下释教”的宗教领袖，二者界限分明，毫不含糊。清政府通过这样的巧妙册封，最终取得了在西藏的支配权，换来了边疆局势的稳定。
五世达赖回到西藏后，凭借清政府的册封，在西藏宗教地位和政治地位，明显上升，格鲁派和甘丹颇章的势力也在日益增强。顺治皇帝死后，康熙即位，继续支持格鲁派，每年都派官进藏看望达赖，赏赉厚礼。达赖深知他的权力地位是中央赐予的，作为西藏地方领袖，为了表达对皇帝的恭顺忠心，每年按照惯例都通过年班堪布向皇帝上书请安谢恩，汇报执行中央政令情况，并派员赴京进贡方物。这种朝贡制度，源于元明，清朝进一步常态化，以致清政府后来由于朝贡频繁只好颁定例贡时间，规定前后藏达赖、班禅每间隔两年一次轮班入贡，着照执行。西藏使团呈进来的贡物礼品，大多属藏传佛教器物，间有土特产和生活用品。如五色哈达、各类佛像、唐卡、银曼扎、八宝七珍，法鼓、经卷、银塔、银轮、铃杵、念珠以及藏香、藏药、氆氇、 茶具等等。清廷对来贡使团，一律热诚相待，给予丰厚回赐，颁发敇谕优渥抚慰，以体现中央的权威和对西藏地方领袖的尊重关怀。
