到了20世纪初叶，国际国内形势发生巨变，清王朝的统治已陷入岌岌可危的境地。国家处在内忧外患的境遇下，这时迎来了格鲁派领袖的第三次入觐。1904年，英国发动了对西藏的武装进犯，亲政不久的十三世达赖土登嘉措率全体军民奋起抗英。因武器落后又无外援而最后遭致失败。达赖离拉萨出走内地，开始了长达四年的流荡生活。
这期间，英、俄势力深入西藏，清朝已无力掌控西藏危局。达赖行走内地，受到列强派人跟踪尾随，对他百般拉拢诱惑，企图离间他和中央的关系，但这些伎俩并未动摇达赖对中央的信赖。他多次派员进京奏报，并请求自己亲赴京城陛见皇上直接面陈藏事，求助中央的理解与支持。
清政府对十三世达赖赴京陛见的请求，也十分重视和谨慎。认识到几年来，各国列强觊觎西藏，边疆矛盾纷繁，本应体恤和安抚达赖，化解矛盾，以突显中央对西藏和宗教领袖的爱护关怀。经过多次与各位大臣磋商权衡，最终答应了达赖的入觐请求。
光绪三十四年（1908年）八月下旬，十三世达赖自五台山启程进京，沿途受到督抚大员的迎迓和照护，到达北京，军机大臣、步军统领等官员和在京喇嘛齐聚车站迎接。到了下榻的西黄寺，又受到上千僧众在门前列队朝拜和欢迎。
达赖到京当天，即蒙受皇帝厚赏。光绪钦派高官到黄寺照料一切。经过精心演练准备，九月二十日，达赖首先去颐和园觐见了慈禧太后。十月初六，又在中南海紫光阁觐见了光绪皇帝。十月十日，是慈禧太后生日，达赖准备了丰厚寿礼，亲赴勤政殿贺寿。贺寿礼品包括：净水瓶、长寿瓶、长寿丹、吉祥哈达、寿佛三尊、鹿角一枚、如意一枚、藏金缎五匹、各色氆氇十五匹、各类藏香300把。此外还有西藏特产的桃、杏脯若干匣。慈禧回赏达赖珍珠念珠一盘，哈达一方、御用黄伞一柄、御笔画一面、御笔对联一副、珊瑚如意一柄。光绪皇帝也颁赏了达赖朝珠、蟒袍料、金银器具、玉器、茶叶等物。
每次觐见，慈禧太后和光绪皇帝都热诚相待达赖，问寒询暖，给予赏赐。达赖面奏西藏情势，言西藏事务重大，事事通过驻藏大臣每多误事，奏请直接自行具奏。并向太后皇帝数度表达他的诚心和敬意。皇太后对达赖此番不辞辛劳，进京陛见并亲自进宫祝寿十分高兴，颁懿旨： “本日达赖率徒祝嘏，备抒悃忱，殊堪嘉尚”，特加封他为“诚顺赞化西天大善自在佛”，按年赏银一万两，由四川藩库分拨。
达赖在京共住84天，除觐见和接待官员拜访外，还到京师各大寺院拈香礼佛，为僧众发放僧饷布施。清政府为接待十三世达赖花去白银近18万两。通过赏封和优隆周到的接待，表达中央对西藏情势的重视关心和对西藏领袖一贯爱戴。这给达赖留下深刻的印象，以至事过20年后，达赖仍谦恭地说：“皇上母子（指皇太后及皇帝）待我极厚”。在北京期间，按历史传统，达赖多次上表谢恩，尽管离开时他的直接面奏要求未得批准感到失望，最后还是顾全大局，遵守定制，维护了中央政府的权威，表现出他当时爱国护教的内向力。
十三世达赖在京多次呈进的礼品，如今已很难找到，在北京民族文化宫博物馆有一件银质法轮，一件银曼扎。据介绍是当时的贡物。法轮佛教中喻指为佛陀说法，如圣轮旋转，无坚不摧。这件法轮高41.5厘米，轮径25厘米，轮体镀金，花錾环绕，中嵌宝石。银曼扎高5.4厘米，直径19.5厘米，重525克。曼扎周壁浮雕花卉图案。两件礼品虽质地比前贡略显粗制，亦属罕有。至于慈禧赏给达赖的赏品，也有两件值得一提，一件是由20万颗天然珍珠编制成的珍珠坛城，一件是她送的御笔画。御笔画长有155厘米，宽53厘米，画面清秀淡雅，画心绘兰花、茶花各一朵，清香淡雅，花间有大臣张之万四句题诗：“在山为幽芳，出山为国香，茶兰得相会，御笔发其祥”。画上方盖有“慈禧皇太后御笔之宝”方印。两件赏品现收藏于拉萨，都成了皇家赠品的纪念之宝。
