格鲁派在发展过程中并非一帆风顺。曾不断地遭受到其他教派和封建势力的打压。及至五世达赖阿旺罗桑嘉措亲政时，形势更加严峻。当时在青海信奉噶玛噶举派的蒙古喀尔喀部首领却图汗想与后藏的第悉蔵巴汗政权联合，消灭格鲁派，在康区信奉苯教的白利土司也视格鲁派为敌。在四面围堵中，五世达赖要想站稳脚跟，继续扩大格鲁派的实力，就要寻求外援。这时五世达赖和住在后藏扎什伦布寺的四世班禅罗桑却吉坚赞（blo- bzang chos-kyi tgyal-mtshan），想到了驻牧新疆的蒙古和硕特部首领固始汗，欲借助他的军事力量解除敌对势力的威胁。
固始汗本名图鲁拜琥，是卫拉特蒙古四分之一的和硕特部有威望的领袖，因受准噶尔部的排挤，从天山北麓迁徙到天山南麓驻牧，他信奉格鲁派，早与达赖喇嘛有联系，但作为一只蒙古的军事力量，绝不仅为维护信奉的佛教起兵相助，他早就有袭踞青海，进而控制西藏的企图。所以当五世达赖与四世班禅遣使前来求助时，便在1636年发兵进入青海，偷袭喀尔喀部，擒杀了首领却图汗，接着又向康区用兵，一举消灭了白利土司。1642 年，他引兵直入西藏，灭掉格鲁派最后一个劲敌第悉蔵巴汗政权，把卫藏大部地区置于自己的统辖之下，并扶植五世达赖在拉萨建起了“甘丹颇章”第巴政权。
固始汗的行动，很快在全藏引起了骚动。噶玛噶举派僧众与藏巴汗政权的残余势力串通一起，在各处掀起叛乱。固始汗与甘丹颇章政权一面联合镇压叛乱，一面瞄准了在东北刚刚崛起的满族贵族势力。蒙藏领袖们此时敏锐地察觉到明朝将大势已去，刚建立的清朝很快会入主中原，统一全国，依靠这股新生力量是摆在格鲁派面前的形势之需。于是，经过秘商，决定派使团前往盛京（今沈阳）联系通好。其实此前，初建清朝的皇太极在征服蒙古各部过程中，已了解到蒙古人普遍信仰藏传佛教和达赖喇嘛，认识到，要想安抚已经归附的蒙古各部，必须积极扶植格鲁派，利用达赖喇嘛的影响力，才能达到稳定后方的效果。在听从了蒙古汗王的几次建议后，崇德四年（1639年）皇太极首度派人前往西藏，希望延请到“至尊无上的大喇嘛”到满蒙地区传法。
在双方互有需求的情况下，崇德七年（1642年）十月，西藏使臣伊拉古克三一行到达盛京，受到隆重的接待。皇太极亲率王公贝勒出城相迎。多次设盛宴款待，待以殊礼。使臣伊拉古克三等在盛京停留了八个月，返回时皇太极派员随行，分别致书五世达赖、四世班禅和固始汗，带去厚礼以表慰问。
