长阳历史代远年长。古代文献的记载和考古发掘的文物，都雄辩地证明了从远古到现在，人类在清江流域的活动从未停止过。旧石器时代中期，有距今18.5万年的“长阳人”穴居洞中，茹毛饮血，生息繁衍。新石器时代晚期，又有巴人著名首领廪君披荆斩棘，开疆扩土，成为雄霸一方的部落联盟首领。夏商时期，巴族强盛一时，势力范围已经跨越清江流域，直逼中原，以致周武王姬发剪灭殷商还借助了巴人的力量。在颠覆商纣的牧野之战中，巴人大展风采，“巴师勇锐，歌舞以凌，殷人前徙倒戈，故后世称之曰‘武王伐纣，前歌后舞’”。历史肯定了巴人的至伟功绩，周武王也对巴人的勇武善战大加赞赏，“武王既克殷，以其宗姬封于巴，爵之以子”，这是巴人建国的最早记录。春秋战国时期，巴人一直活跃在历史的前台，它与东边强大的楚国争斗达数百年之久，后因内乱，加之秦楚夹击，势力日渐削弱，直至公元前316年为秦惠文王所灭。公元前221年，秦始皇统一六国，推行郡县制，分天下为36郡，长阳之地属黔中郡。刘邦夺取天下后建立汉朝，置“佷山县”，县治州衙坪，为长阳建县之始。公元前202年刘邦改黔中为武陵，佷山县隶属武陵郡（据《汉书》卷二十八上1594页），从此，佷山作为县级行政建制长期处于封建中央集权政府的管辖之下。
东汉时期，“佷山县隶属江陵南郡”（《后汉书》卷二十二3480页）。建安年间，曹操“尽得荆州之地，分南郡枝江以西立临江郡”（《晋书》卷十五454页），佷山县又属临江郡。
三国时期，公元208年，赤壁大战曹操败于孙刘联盟，退出江南，“于是南郡、零陵、武陵以西为蜀，蜀分南郡立宜都郡”（《晋书》卷十五454、456页），佷山县又属宜都郡。之后，吴蜀争夺荆、湘多年，佷山时而归蜀汉，时而归东吴。
两晋时期，“晋平吴，（佷山县）改为清流县，置宜都郡地隶焉，寻复为佷山”（乾隆本《长阳县志》卷一）。
南北朝时期，政治纷争不断，王朝更迭频繁，立国最长的只有60年，最短的仅17年，致使县域建制随王朝更迭而屡有变化。在此期间，县域内先后有方山县、宜昌县、盐水县、巴山县等建制，或一县单置，或数县并立。（佷山）“改为方山县，寻废，复佷山县”（乾隆本《长阳县志》卷一）。“盐水，后周置县，并置资田郡”，“巴山，梁置宜都郡宜昌县，后周置江州”（《隋书》卷三十一890页），县治也一度迁至资丘等地。
隋朝统一全国后，于开皇八年（588）置长杨县，隶属南郡（据《隋书》卷三十一888页），县治迁至龙舟坪。
唐朝“武德四年（621年），以县置睦州，并置巴山、盐水二县。八年(625年)州废，省盐水，以长阳、巴山隶东松州，贞观八年（634年），废东松州，长阳改隶峡州夷陵郡。天宝八载（749年）省巴山入长阳”（《唐书》卷四十1028页）。长阳作为县名于唐朝见诸史书，并延用至今。
五代时，藩镇割据，高季兴父子建立荆南（南平），长阳隶属江陵府峡州（据《十国春秋》卷一百一十二1623页）。
宋朝，长阳隶属荆湖北路（据《元史》卷五十九1418页）。
元朝，长阳隶属荆湖北道峡州路（据《元史》卷五十九1418页）。
明朝，长阳隶属湖广行省荆州府夷陵州（据《明史》卷四十四1081、1082页）。
清朝定鼎中原，历顺治、康熙两朝，到雍正六年（1728年），长阳属湖北布政使司直隶之归州，雍正十三年（1735年），改土归流以后，升夷陵州为宜昌府，长阳隶属宜昌府。时县南渔洋关一带地域划入新建之长乐县（今五峰土家族自治县）（《清史稿·地理志》）。
民国初，废除府州建制，湖北分设江汉、襄阳、荆南3道，共辖69县，长阳隶属荆南道。后分全省为11和8个行政督察区，长阳先后属第九、第六督察区。
土地革命时期，长阳人民在中国共产党的领导下，开展了反帝反封建的革命斗争，先后建立了四届县委、三届县苏维埃政府（包括长巴县苏维埃政府），苏区面积一度达到3300平方公里（现属长阳的有2300平方公里），占当时全县总面积的80%。
1949年6月，根据中共湖北省委、省人民政府的指示，中共长阳县委、县人民政府在荆门组建。7月18日，中国人民解放军解放长阳指挥部解放长阳龙舟坪，县委、县人民政府随即发布布告，宣布正式视事办公，初属宜昌地区专署。1958年12月，宜昌地区行政公署撤销，建立宜都工业地区行政公署，长阳隶属之。1961年5月，宜都工业地区行政公署撤销，设立宜昌专员公署，继而于1968年1月建立宜昌地区革命委员会，1978年8月宜昌地区革命委员会撤销，建立宜昌地区行政公署，长阳隶属之。1984年7月13日，国务院以“国函字115号”文件批准撤销长阳县，建立长阳土家族自治县，仍隶属宜昌地区行政公署。1992年8月13日，宜昌地区与宜昌市合实行“地市合并”，建立大宜昌市，长阳隶属宜昌市管辖。
2005年全县辖8镇（龙舟坪、高家堰、磨市、都镇湾、资丘、渔峡口、榔坪、贺家坪）3乡（大堰、火烧坪、鸭子口）、4个居民委员会、154个村民委员会、970个村民小组。
