元山寺始建于南宋建炎年，即公元1127年，距今已有八百六十多年的历史了（公元1389年）碣石建卫，碣石卫总兵侯建高主持规划扩建，设计成了一座具有典型的明代建筑风格和艺术特点的宫殿群体。建筑格局卫多组四合院对称式，坐北朝南，卧岗面海，依山递建，其建筑布局合理，结构严谨，计有山门、前殿、中殿、正殿、配殿、厅堂、院落，在右庑廊、方丈厅和僧房等建筑99间，始称玄山寺，后因避清代康熙玄烨的帝伟，改为元山寺。
元山古寺历经风风雨雨，几度修葺，至清光绪22年起例定每十年一度进行维修重光。由于定期维修，保护完好，至今元山寺还保留着重斗叠拱，雕梁画栋，多种木雕、石雕、嵌瓷、花鸟虫鱼，千姿百态，巧夺天工，宫殿庙顶，高脊飞瓴，寺内的各式铜铸、玉雕、陶瓷、泥塑无不形神兼备，工艺精湛。使人感受到富丽堂皇，又肃穆端庄的明、清年代的建筑风貌和工艺珍品。大大体现了中国建筑工人的高超才能，闪耀着中华民族智慧的光华，是陆丰市规模最大，文物保护最完整并富有历史、科研和艺术价值的名胜古迹。
元山寺内供奉有玄天上帝，至今还有“武当飞来”的牌匾，但寺里同时也供奉释加牟尼、观音菩萨、弥勒等佛像，因此元山寺兼有释道汇流的特点，世所罕见。在海外华裔、特别是闽南语系的港澳台同胞中享有盛誉，是一个辐射半径很远的以“保外乡”著称的古寺（另有民间说法：玄武山佛祖显潮州）。碣石湾注：这里所指的潮州是指原潮州府地区。
经考证，陆丰市的碣石、桥冲、南塘、陂洋、湖东、甲子、甲东、甲西等八镇，在秦朝统一岭南之后被划归龙川县揭阳戍。汉元鼎六年（前111年）揭阳戍升格为县，同一时期今陆丰市其它区域则归傅罗县管辖。东晋咸和六年（331年）陆东八镇属义安郡海宁县，其余属东官郡海丰县；明代初海丰县石帆都曾与龙溪都一并划归潮州府，不久石帆都改隶惠州府。龙溪都大致相当于现在普宁市西部南阳山区，石帆都即陆东八镇。
