佳木斯原名“甲母克寺噶珊”、“嘉木寺屯”，为满语，意译为“站官屯”或“驿丞村”。
据出土文物资料证明，早在6000年前，佳木斯地区就有人类活动。历史文献记载，在公元前20世纪夏商之际，肃慎人即在此地繁衍生息，并向中原王朝连年朝贡，接受管辖与封赏。汉晋时代，肃慎改称为挹娄，南北朝时称为勿吉，隋唐时称为靺鞨，均臣服中原王朝。唐朝曾设立黑水都督府，管辖今佳木斯一带。辽时靺鞨改称女真，辽王朝在依兰以下沿松花江、黑龙江两岸建立五国部，管辖这一地区。元初归开元路，后属水达达路。明代于黑龙江入海口附近设立奴儿干都司，统辖黑龙江、松花江和乌苏里江流域，直至库页岛广大地区。清代初年设宁古塔昂邦章京，管辖吉林、黑龙江地区，北至外兴安岭，东至滨海及库页岛。清雍正十年(1732年)增设三姓副都统。1888年，依兰旗署设东兴镇(后改为佳木斯镇)，1909年改属桦川县。1931年“九·一八”事变后，属伪满洲国三江省。1937年设市，为省会。
东北解放后，佳木斯先后属合江省、松江省，今属黑龙江省。1985年实行市管县体制。1989年辖依兰、汤原、桦川、桦南、宝清、友谊、饶河、抚远8县和富锦、同江2市。境内总面积55580平方公里，总人口318万，人口密度每平方公里57人。市区设东风、前进、向阳、永红4区和郊区。面积911.9平方公里，人口61.7万人，人口密度每平方公里676.7人。市区地理位置在东经129°61′—130°33′、北纬46°31′—46°52′之间。佳木斯市东北部隔黑龙江、乌苏里江与俄罗斯相望；南部是双鸭山、七台河煤城和牡丹江市；西南与哈尔滨相近；西北与林都伊春相邻；北部与煤城鹤岗接壤。
佳木斯地区虽历史悠久，但开发较晚。自建镇迄今刚满百年，从设市迄今仅52年。一百年间，佳木斯经历了封建王朝和军阀的黑暗统治，饱尝了沙俄的侵略和日本军国主义的奴役和压迫，在苦难和屈辱中生存和成长。1945年东北解放后，在中国共产党的领导下，建立了人民民主政权，结束了被压迫被奴役的历史，开始走上自由幸福的康庄大道。中华人民共和国成立40多年来，开始了有计划的大规模的经济建设，城市面貌日新月异。今日的佳木斯已由一个荒凉的渔村，变成祖国东北部边陲的新兴城市，成为黑龙江省三江平原的政治、经济、文化中心和交通枢纽。
