1976年由省林业厅开始筹建，1979年黑龙江省人民政府批准建立黑龙江省扎龙自然保护区，成立扎龙自然保护区管理局。1987年4月国务院批准扎龙自然保 护区为国家级自然保护区。1992年中国加入《关于特别是作为水禽栖息地的国际重要湿地公约》，扎龙保护区被列入国际重要湿地名录。
1999至2002年，扎龙湿地及其水源补给地乌裕尔河和双阳河流域遇到大旱，至2000年湿地发生大火灾，延续十几日的大火将芦苇连根燃烧，几乎摧毁了扎龙湿地的生态系统，700平方公里的核心区只剩130平方公里有水，湿地几乎覆没。 2001年，在国家水利部指导下，省水利厅、齐齐哈尔市水务局和水利部松辽流域水利委员会发挥统一管理的体制优势，筹措资金，启动扎龙湿地应急调水工程，当年就向扎龙湿地补水3500万立方米，保住了仍在萎缩的130平方公里湿地。
扎龙湿地补水
继2001年向扎龙湿地补水3500万立方米后，投资700万元的扎龙湿地调水工程于2002年4月竣工，2002年全年又向扎龙湿地补水3.5亿立方米。2001至2007年7年以来，国家已累计向扎龙湿地补水11亿立方米。
扎龙湿地保护工作经过多年的发展取得显著成效。丹顶鹤、白鹤、东方白鹳等珍稀水禽种群数量增加，其中现已列入全球濒危种类的野生丹顶鹤更是由建区时的150只增加到400余只（2010年数据统计），湿地内生物多样性丰富，野生动物种类繁多，是丹顶鹤、白鹤、东方白鹳等珍稀水禽的重要繁殖栖息地和迁徙停歇地。
