通州谈判破裂之后，按照事先的部署，清方当场拘禁了以巴夏礼为首的英法谈判使团共39人，押送北京，以“叛逆罪”投入大牢。给巴夏礼等人定下的罪名，再好不过的说明了满清王朝所坚持的“天下一统”观念之荒谬。他们仍然认为这个世界上所有的国家都是满清王朝的属国，因此，英法联军对中国的进攻并没有被看成是侵略、入侵或是战争，而是被当作是“叛乱”；满清政府对英法开战则被理直气壮的宣布为“剿夷”、“讨逆”。
满清政府一直把巴夏礼看着英法联军的最高统帅，根据“擒贼先擒王”的传统计谋，他们在通州谈判另外怀有的一个目的就是诱擒巴夏礼，期望巴夏礼就擒之后，英法联军群龙无首，必定自乱，然后乘机大举进剿，稳操胜券。当天中午，英法联军4000人就与清军精锐僧格林沁部近万人在通州张家湾交战，结果清军惨败。数日后双方在通州八里桥再次交战，英法联军约6000人大败清军精锐约 30000人。皇帝闻讯后如惊弓之鸟，厚颜无耻的宣布“朕今亲统六师，直抵通州，以伸天讨而张挞伐”，然后从圆明园苍皇出逃，从此再也不敢回到北京。
那些被逮捕的英法谈判代表则被解押到北京交刑部审问。据一个当时被监禁的英国外交官后来回忆：
沉重的监狱大门被打开，我被带了进去，大门在我身后又轰隆隆的关上。这时，我发现自己是在一群大约七八十个外表粗野的囚犯之中，像在中国的监狱里通常所能见到的那样，这些囚犯因为疾病和不卫生的环境，多数都极富攻击性。他们自然都带了焦虑的神情瞪视着我这新来者。
狱卒们把我放在一块囚犯睡觉用的垫起来的铺板上，并用另外一根粗大的铁链把我牢牢拴在头顶上的梁柱上。这根铁链既长又重，先从脖颈绕一圈，并固定在双脚上，双手被两条交叉的铁链和手铐紧紧捆住，双脚也是一样。
这里所关押的囚犯中，绝大部分都是犯有重罪的社会下层人物，包括杀人犯和夜间窃盗犯。监狱内的生活条件极端恶劣，犯人们面容憔悴，体弱多病，经常有被囚身亡者。
这些西方外交官在监狱中还受到了残酷的心理折磨，满清政府通知巴夏礼等人中国决心死战，他们将被立即处死，给两小时写遗书。待巴夏礼等人写完遗书之后，又说将处死日期改在第二天，而第二天又没有行刑。行刑日期一拖再拖，对于已被宣布死刑的人来说，心理压力也越来越大。满清政府对他们施加巨大心理压力的目的，是想迫使他们屈服之后再在狱中与之重开谈判。
尽管巴夏礼等人最后并没有被处死，但一个月后当满清政府被迫释放他们的时候，在被监禁的39人当中，已有21人被虐待致死，18人存活下来。英法两国被彻底激怒，可以说是怒不可遏，为了报复，英国专使额尔金准备烧毁紫禁城，后来为了照顾满清王朝脸面（当时英法正与清方谈判《北京条约》），才另外选择了圆明园。1860年10月18日，英军第一师约3500人奉命放火焚烧了圆明园。
在焚毁圆明园的前几天，英法联军要求清方交出北京安定门“代为看守”。英法联军分四批入城，并将司令部设在国子监。英法联军列队入城之时，清军士兵夹道跪迎，北京居民观者如市，这一场面后来被痛斥为“麻木”，通常也被好心的隐去。
对于当时的咸丰皇帝来说，圆明园被焚毁是他个人的屈辱，他生于斯、长于斯，一直把它看着是和紫禁城一样的圣地。当他听到圆明园被焚毁的噩耗之后，当场口吐鲜血，旧病复发，一年不到就死于热河。不过，对于当时的中国人来说，皇帝的那种感觉似乎离他们远了一点，他们每天为生计奔波，只盼望能有一个平安的日子。在专制极权制度之下生活的人们毫无任何尊严可言，他们每天都在屈辱中生活，早已感受不到屈辱，更不可能理解并去同情皇帝所遭受的屈辱。他们成群结队闯进已无人守卫的皇家禁苑，带走他们所能够找到的一切。他们的行为被说成是“盗贼”，而皇帝大肆搜括民脂民膏建造圆明园以供淫乐的行径却是被冠冕堂皇的宣布为全国人民的崇高道德责任，今天把圆明园说成艺术精萃、辉煌瑰丽，皇帝的行迳自然就是一项功彪史册的伟大成就。
皇帝的屈辱后来也被说成是人民的屈辱，圆明园成了人民和国家屈辱的象征，真是天大的笑话。皇帝的遭遇与中国人民有何相干，西方公使向皇帝磕头或不向皇帝磕头与中国人民有何相干？皇帝为了他所认为的屈辱而不惜一战，却是以国家的利益及人民的生命为代价，除了使他本人遭受到更大的屈辱之外，还使中国在这场战争中最终丧失了150万平方公里领土，那是中国为了“以夷制夷”而向俄罗斯付出的代价，这样惨痛的损失永远也无法弥补。在中国近代史上，这是一场代价最为昂贵、同时又最为无聊的战争。
正如蒋廷黻教授在本世纪三十年代所写的那样：“当时我们与英、法所争的是什么呢？北京驻使，内地游行，长江通商，这是双方争执的中心。这些权利的割让是否比东北土地的割让更重要？大沽及天津的抵抗是否应移到黑龙江上去？我们一拟想这两个问题，就可以知道这时当政者的‘昏庸’。
