肇庆是远古岭南士著文化的发祥地之一。考古发现表明，距今14万年左右，肇庆已有人类活动；距今1万年左右，这里已开始向新石器时代过渡；大约5000年前，肇庆的先民已有锄耕农业、家畜饲养业、编织业以及较先进的制陶业。境内的春秋晚期至战国墓葬出士的青铜器，有受中原商周文化和长江流域楚越文化影响的痕迹，也有岭南文化的显著特征。
肇庆是历史悠久的岭南名郡。早在南越国时期，骆越酋长安阳王曾北上建都于封溪（今封开境内）。赵佗击败安阳王之后，在封溪一带建立苍梧国，作为南越国的属国。汉武帝平定南越之后，在今高要、肇庆市区、高明和三水西部、云浮东部等地设置高要县，属苍梧郡。县名得自境内的高要峡，高要峡则因峡山高峻、峡水如腰而得名。隋开皇九年（公元589年）始置端州，辖高要、端溪等九县。大业三年（公元607年）废州置郡，端州改为信安郡。唐武德年间复为端州，天宝元年（公元742年）改称高要郡，乾元元年（公元758年）又复为端州。直到北宋元符三年（1101年），徽宗赵佶因即位前为端王，端州为其"潜邸"，故在端州置兴庆军节度；政和三年（1113年）改端州为兴庆府；重和元年（1118年）又亲赐御书"肇庆府"，自此更名为肇庆。
肇庆历来是西江流域的政治中心。西汉元鼎七年（公元前110年），汉武帝在高要设盐官，是全国36个盐官之一。西晋太康二年（公元281年），晋武帝在高要置西江督护府，管理西江流域土著民族事务。南朝梁天监六年（公元507年）梁武帝升高要为郡，并把广州都督府设在高要，统辖岭南13州。陈霸先任西江督护、高要太守期间，在这里招收俚、僚子弟兵，积蓄力量，其后北伐侯景，并于公元557年建立了陈朝。陈时广州都督府仍治高要。
明嘉靖四十三年（1564年），两广总督府从广西梧州移驻肇庆，直到清乾隆十一年（1746年）才迁往广州，历时182年。1646年，朱由榔以肇庆府署为行宫，即位称帝，改称永历，在肇庆组织军民抗清。清代在省与府之间设道，如分巡肇罗道、分巡肇阳罗道、分巡广肇罗道等，道台多设在肇庆。1912年以后，先后设肇罗军政分府、肇阳罗镇守使署、西北军绥靖委员行署等于肇庆；1936年，设置广东省第二行政督察专员公署，辖12个县。
建国后，肇庆一直是高要县、肇庆市人民政府和肇庆地区行政公署的驻地。1988年3月，肇庆改为省辖市，辖端州、鼎湖两区和高要、广宁、四会、新兴、罗定、云浮、德庆、郁南、封开、怀集10县。1995年，云浮、罗定、郁南、新兴等四个县级建制从肇庆市辖区划出，另外成立云浮市。到目前为止，肇庆实辖端州、鼎湖两区，高要、四会两市（县级），广宁、德庆、封开、怀集四县。
