南宋盛行猪肉馒头 仁宗馒头包珠宝
唐之后，馒头的个头开始缩水，不再是巨无霸形象，渐渐变得娇小起来。称谓众多，比如“玉柱”、“灌浆”等。
但馒头的人头形状是在走入民间成为食用点心后，才有了改变的，元代时，已有了类似后世开花馒头的“煎花馒头”。忽思慧《饮膳正要》记载：“煎花馒头：羊肉、羊脂、羊尾子、葱、陈皮各切细”，“依次入料盐酱拌陷包馒头，用胭脂染花”。由此可知，馒头形状不仅不再是单一的人头形，最初的馒头还是包陷的，曾经历了一个由包陷到实心的演变过程。
因此，唐宋之后的馒头因包有馅，又被称作“包子”。宋人王栐《燕翼诒谋录》记有：“仁宗诞日，赐群臣包子。”包子后注曰：“即馒头别名。”南宋最为盛行的是猪肉馒头。不过据说仁宗（见上图）所赐馒头包的不是猪肉馅，而是珠宝。
后来，馒头的种类越来越多，《居家必用事类全集》中记有多种馒头，并附用处：“平坐小馒头（生馅）、捻尖馒头（生馅）、卧馒头（生馅，春前供）、捺花馒头（熟馅）、寿带龟（熟馅，寿筵供）、龟莲馒头（熟馅，寿筵供）、春〔上尔下虫〕（熟馅，春前供）。荷花馒头（熟馅，夏供）、葵花馒头（喜筵、夏供）、毯漏馒头（卧馒头口用脱子印）。”明李诩的《戒庵老人漫笔》中记：“祭功臣庙，用馒头一藏，五千四十八枚也。江宁、上元二县供面二十担，祭毕送工部匠人作饭。”说到这，有必要提到的是，馒头不管有馅无馅，一直是祭供时不可或缺的食品之一。
到清代，“馒头”“包子”始分家，但南北方对“馒头”“包子”的称谓各异：北方谓无馅者为馒头，有馅者为包子；而南方却有称有馅者为馒头，无馅者为“包子”的。《清稗类钞》辨馒头：“馒头，一曰馒首，屑面发酵，蒸熟隆起成圆形者。无馅，食时必以肴佐之。”“南方之所谓馒头者，亦屑面发酵蒸熟，隆起成圆形，然实为包子。包子者，宋已有之。《鹤林玉露》曰：有士人于京师买一妾，自言是蔡大师府包子厨中人。一日，令其作包子，辞以不能，曰：‘妾乃包子厨中缕葱绿者也。’盖其中亦有馅，为各种肉，为菜，为果，味亦咸甜各异，惟以之为点心，不视为常餐之饭。”
