清代御宝使用的具体程序随着时间的推移也有所变化。顺治初年规定，御宝要由内三院（内国史院、内秘书院、内弘文院）大学士、学士共同验明使用。设立尚宝司和尚宝监后，每遇用宝，都由内院会同两衙门官验用。两衙门裁撤后，御宝的使用归由内阁负责，每次用宝，先要用宝牌将使用情况奏明请旨。宝牌是清代内阁奏请使用皇帝御宝的一种独特文书。按照清朝的制度，公文奏章，由内阁票拟呈进，但有紧急事务或事涉琐碎，即用木牌以满文书写缘由于牌上，牌首饰绿色，故称绿头牌。宝牌即属于绿头牌的一种，但较之常规的绿头牌要大，长36.5厘米，宽11.5厘米，白油漆涂面，间部呈庆云状，并漆成绿色。牌上墨书官员职衔、姓名以及“请宝”事由。宝牌写好后，交与外奏事处，再由内奏事处转接呈交皇帝候旨。待皇帝批准后，按规定程序请用御宝。届时，由交泰殿中取宝，内阁学士率侍读学士、侍读典籍等赴乾清门恭接御宝，与内监公同验用。完成后，再登记用宝数目，学士退出，内监等捧宝进入，恭敬地放回原处。如遇皇帝巡幸在外，则会同内务府大臣在乾清门验用。康熙十二年（1673年）批准，凡是诰敕、敕命、敕书等平常之事用宝时，可以不必向皇帝请旨，直接用宝；如遇到紧要事情用宝，还须请旨，批准后方可钤用。
嘉庆二十四年（1819年）又进一步规定：由皇帝特旨颁给的敕书仍然按照旧例用宝，而其它一般性的敕书，则不拘多少，集中用宝。每半个月用宝一次，每月两次，减少了御宝来回挪动的频率。每当皇帝出巡时，则要“请宝”随行。届期，内阁学士率典籍一人赴乾清门，总管太监将宝匣同这位内阁学士一起打开验看，确无差错后再共同封好，交给赍宝中书，乘马在皇帝华盖前行，如果皇帝出巡不设骑驾卤簿，则由赍宝中书捧宝在豹尾班后随行。到驻跸的行宫后，交给总管太监收好。皇帝回銮时，学士等仍由驻跸行宫领出，到京后由内阁学士及典籍送至乾清门同总管太监一起打开宝匣查验后共同封好，由总管太监捧送到交泰殿中存放。
