秘密奏折最早出现在顺治朝。康熙继位后，密折的作用越发重要，康熙认为使用密奏能使“人不能欺朕，亦不敢欺朕”，故予以推行，并命令亲信文武大臣须经常向他“附陈密奏，故各省之事不能欺隐”。现存有康熙朝的密奏三千余件，系由百余人所呈，说明密奏的运用比顺治时更广泛。
雍正登位后，为了直接了解下情，整肃吏治，以加强皇权、巩固统治，大力推行密奏，并建立起一套严密的制度，尚书、侍郎等官，每日一人轮班奏事，密折封进。同时，雍正朝有具折权的官僚队伍较康熙朝大幅度扩大。据统计，康熙朝有秘密奏事权的官员仅100多人，而雍正朝短短13年便发展到1200多人。大学士、总兵官及各省督、抚、提、镇、藩、臬皆可就有关政治、军事、经济、吏治、民情风俗等情况，具折密奏。此外，雍正朝密折制度已经程序化，自缮折、装匣传递，到批阅、发还和收缴，都有条不紊运行。密折须具折人亲笔写好后，装入折匣，然后递送。为了及时收发、批阅、处理密折，雍正帝设立了专门转呈、接受密折的机构 ——奏事处，由专门的奏事官接收、转呈密折。凡拥有折奏事权的官员都是雍正帝安插在官僚中的“耳目”，而奏事人自己又受其他一个或几个奏事人的秘密监督，形成互相监视的局面。这样，人人都处于受监视的境地。
密奏制度使皇帝直接处理庶务，加强了皇权。此外，密奏不经通政使司、内阁等机构，因此，事情往往可以很快确定，大大提高了行政效率，此外，还使地方大员彼此制约、不敢违法擅权，有利于整肃吏治。（《图说故宫六百年》）
