明代诸帝为了祈福延祚，巩固边防，吸取前朝经验，尊奉佛教，尤其崇奉五台山佛教。太祖幼出佛门，自然崇佛敬僧，曾对五台山璧峰禅师优加礼遇。明成祖于永乐元年（1403），就迎请哈里麻，后赐銮舆、旌幢、伞盖之仪，遣使送往五台山，并为其重修显通寺和大白塔。黄教祖师宗喀巴的弟子释迦也失，于永乐十三年（1415）至五台山朝圣，成祖曾几次致书慰问，并敕赐袈裟禅衣、镀金莲座等。明英宗敕造《大藏经》5藏，安于5座台顶。宪宗于成化十七年（1481），造丈六镀金文殊像及画像百轴、香金5百两、布帛千尺，念珠万串，敕赐五台山文殊寺。正德二年（1507），武帝“敕建铜瓦殿，赐额广宗寺，兼圣谕护持”（《清凉山志》）。又于中台顶建寺，赐额演教寺。神宗受到慈圣皇太后的影响，十分崇佛。万历年间，敕建大塔院寺并舍利宝塔；于狮子窝修建洪福万寿藏经楼阁；于龙泉寺复建万圣阁；敕建圣光永明寺（即显通寺）。神宗还多次于五台山举行规模盛大的法会，使五台山佛教盛极一时。
清朝10代帝王，大多信佛，且特别崇奉喇嘛教。从始至终，推行一套“以黄教绥柔蒙古”的策略，所以对五台山藏传佛教也给予特殊的礼遇。康熙皇帝5次巡幸五台山，敕赐梵文藏经两部、匾额55块、作诗15首、碑文20余道，修葺寺院20余座，做各种道场8次。乾隆皇帝也曾巡幸五台山6次，修葺演教、望海、法雷、普济、灵应、显通、殊像、碧山、镇海等20余寺，御制碑文8篇，题匾45块。雍正、嘉庆也来过五台山。以后，国势日衰，清室再未朝台。但在光绪九年（1883），还重建了大万圣佑国寺，称为极乐寺。慈禧太后还御书了“真如自在“四字，赐予普济和尚，如今还存于南山寺。
