“后弘期”是藏传佛教在佛学上出现“百花齐放，百家争鸣”的开放性时期，又是诸多教派的大生产时期。除“前弘期”传承下来的宁玛派外，仅“后弘期”内就相继产生了噶当派、噶举派、萨迦派、希解派、觉囊派、格鲁派等。其中噶举派、萨迦派和格鲁派，再加上宁玛派，在密宗这一深奥领域具有很高的造诣，可以说，此四派在密宗理论上自成体系，在实践修炼上独辟蹊径。此四派历来就是瓜分藏传佛教信徒的四大支柱性宗派，在藏族地区乃至整个信奉藏传佛教的地区或民族中具有很强的影响力。所以，历史上曾出现过元朝支持萨迦派，并推举帝师统管藏族地区，至明朝转而对噶举派倍加重视，而清政府又不惜一切扶植和推崇格鲁派的局面。其中清政府对藏传佛教的管理和利用皆较元明两朝高明并“企图把它变成一种有利而历害的工具。”先后将北京、承德、五台山变为内地藏传佛教的三个中心。1744年（1745年竣工）把雍和宫改建为北京地区规模最大、地位最高、机构最完备的藏传佛教寺院，直属清中央政府管辖，“由王室亲王中选派一人充当雍和宫最高行政首长，名叫‘领雍和宫事务大臣’。”正因为如此，它就成为一座典型的格鲁派寺院，例如雍和宫内的时轮学院、续部学院（密宗）、闻思学院（显宗）、医药学院和大经堂皆与格鲁派大寺院的布局基本一致，这也是格鲁派不同于其它藏传佛教派别的主要特色之一。
从整个布局看，雍和宫也突出了密宗的地位。例如，寺内除了闻思学院（显宗）外，其余的大都与密宗有着密切的关系。续部学院是格鲁派纯修密宗的场所，殿内“研究密宗教义，广授法师之灌顶，教化善根弟子入密宗金刚乘门”；时轮学院系密宗学院，除着重对时轮天文历算进行研习外，还要研习与修观有关的时轮密乘；医药学院主要是除了研习《四部医典》和《药王月珍》、《晶珠本草》等外，还要研修或举行许多密宗仪式，诸如 “药师佛自入坛城和烧坛法会”、“马头金刚自入坛城和烧坛法会”、“阿阂佛自入坛城和烧坛法会”等。由此可以看出，密宗在雍和宫占有绝对优势。同行们周知，因为藏传佛教的诸多密宗派别都有各自的修持方法和理论依据，如宁玛派的“修学之要，大抵区分九乘：声闻、缘觉、菩萨，三乘皆应身佛释迦所说。密乘外道，作、修、瑜伽，三乘皆报身佛金刚萨陲所说。内道，大瑜伽、无比瑜伽、无上瑜伽，三乘皆法身佛普贤所说。此中复以无上瑜伽中喜金刚法为最究竟。行持从俗，不守律仪，以为观修自显现净智契证空理，而得解脱云。”之大手印法洞达奥蕴。”至于萨迦派的“学说亦融会显密，而用清辩一系之中观为密乘本义之解释。又以显乘之菩萨五位（资粮、加行、见、修、究竟）与密乘四部对合而修，以为修此即自然修彼。以是于加行位中暖顶忍三味耶断所取惑，世第一法三昧耶断能取惑，同时以菩萨智慧本性光明照耀而入大乐定，则已达显密融合之境地矣。”而雍和宫密宗的特色大抵可概括为“集诸派之所长”。格鲁派提倡“先显后密”，即先打好显宗理论基础，然后进入密宗修炼（实践）。因此，雍和宫在修习次第上是先通《菩提道次第广论》，后入《密宗道次第广论》，从而体现了格鲁派的“先显后密”的宗旨。
