尤卡坦半岛没有多少地面河流，因此奇琴伊察当地三个终年提供充足水源的溶井（cenote）使之成为了天然的人口中心。其中两个溶井至今存在，其中一个就是着名的具有传奇色彩的“献祭之井“（Cenote of Sacrifice）。玛雅雨神恰克（Chaac）的信奉者将其视为圣地，并将玉、陶器和熏香被 投入圣井中作为对恰克的献祭，在大旱的时候偶尔还会使用活人献祭。（然而某些导游所讲述的大量美丽年轻的处女被定期作为祭品抛入井中的可怕故事却并没有在 古代文献或是对溶井的考古打捞中得到证实。还有故事称少男，而非少女，才是圣井的祭品。）圣井很久以来就是尤卡坦地区的朝圣地。
奇琴伊察在公元600年左右即玛雅古典时期中期是当地的重要城市，但其最大的发展和影响力巅峰则出现在中部低地和南部玛雅城市衰落之后。
公元约987年，托尔特克国王Quetzalcoatl（即羽蛇神之意）带领军队从中部墨西哥来到这里，并（与本地玛雅盟友一起）将奇琴伊察作为了自己的首都，及第二个图拉（Tula）。这一时期的艺术和建筑因此呈现有趣的玛雅和托尔特克混和风格。
奇琴伊察的衰落
玛雅史料记载1221年发生了大规模的起义和内战，考古学证据也显示市场和武士神庙的木制屋顶在大约这一时间被烧毁。奇琴伊察随着尤卡坦的统治中心移往玛雅潘而开始衰落。
奇琴伊察虽然未被完全放弃，但城市的人口减少了，也没有再兴建新的大型建筑。然而神圣的溶井还是保持了朝圣地的地位。
1531年，西班牙的征服者弗朗西斯科·德·蒙泰乔宣布对奇琴伊察拥有主权并打算将其作为西班牙尤卡坦的首都，但几个月后当地玛雅人的起义把蒙泰乔逐出了该地。
