西藏，古称唐古忒，又称土伯特，隋唐时称吐蕃。强大的吐蕃王朝有盛有衰并最终纳入中国版图。而在这片神秘的土地上，宗教自传人起就和政治有着千丝万缕的联系，以致西藏地方一度呈现出教派林立、各派之间互相争权夺利的局面，直至西藏被纳人中央政权之下，中央政权更迭的每一时期都和藏传佛教其中一个教派有着密切的往来。
清朝人主中原之时，正值藏传佛教五大派之一的格鲁派崛起。
17世纪中叶，格鲁派领袖第五世达赖喇嘛为了取得强大的中央政权的支持朝见清顺治皇帝，成为清中央王朝与西藏地方关系史上的里程碑。
清顺治十年（1653），第五世达赖喇嘛经青海、甘肃、宁夏到北京，顺治皇帝设宴迎接。此行，清朝中央政府册封第五世达赖喇嘛“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，开创了历辈达赖喇嘛必须由中央政府册封的先河。从此，清朝中央政府与西藏地方建立了最直接的联系，在清代崇尚喇嘛教的做法从此便辈辈相传。事实上，扶持喇嘛教便成为清朝中央政府管理广大的蒙古和西藏地方的基本国策。
藏传佛教格鲁派之所以能在关键时期崛起，四世班禅大师罗桑却吉坚赞起了很大作用。他是四、五两辈达赖喇嘛的师傅，在广大信教的蒙古和西藏群众心目中享有极高的威望。他的存在犹如格鲁派祖师宗喀巴大师在世。格鲁派之崛起与他的长远计议密不可分。四世班禅大师于康熙元年圆寂，1713年，康熙皇帝封第五世班禅大师罗桑益西为“班禅额尔德尼”。从此，开创了历代班禅大师亦由中央政府册封的历史。
康熙朝前期，遇到的最大心患是以吴三桂为首的三个“藩王”重新扯起“反清复明”的大旗（即“三藩之乱”），使刚刚强盛起来的清王朝面临着覆灭的危险。吴三桂的势力一度扩大到与清朝分庭抗礼，清朝军队与其相持数年之久。当时，康熙叮嘱第五世达赖喇嘛：“大兵分路进讨，若吴三桂势蹙投降，喇嘛其即执送。”虽说在平定“三藩之乱”的过程中达赖喇嘛并没有直接发挥过作用，但达赖喇嘛所属的一方土地康熙皇帝是放心的，这对处在长达数年之久的平叛紧张关头的康熙皇帝来说，无疑是一种政治上的支持。由此可见清朝皇帝与达赖喇嘛的关系已相当密切和牢固。
康熙时期遇到的另一重大边疆问题是蒙古准噶尔部屡屡进犯。
准噶尔是新疆厄鲁特蒙古中一支强大的蒙古族势力，康熙朝初期，噶尔丹夺取准噶尔部汗权，势力不断扩大，他一方面向清朝中央政府臣服请安，一方面又暗中与沙俄及西藏某些僧俗上层勾结，四处抢掠。
康熙五十五年（1716），准噶尔部发动叛乱，出兵六千由新疆发兵西藏，兵临拉萨城下。1717年，西藏地方行政首领拉藏汗被杀。准噶尔军队进入拉萨之后，抢劫财物、杀戮僧俗、摧毁寺庙、无恶不作，造成人人自危的混乱局面。为了安定西藏地方，康熙皇帝先后两次派军剿除准噶尔军，第一次清军全军覆没。康熙五十九年（1720），康熙皇帝任皇十四子允禵为抚远大将军，统帅三军，坐阵西宁；派大将延信率军与西藏各部积极配合进剿准噶尔军队。在西藏地方广大僧俗积极配合、支持下，清朝军队收复了已被准噶尔占领的拉萨，准噶尔军溃败，其首领策旺阿拉布坦仓皇逃回新疆伊犁旧地。康熙皇帝随即派大军护送从青海选定的十三岁灵童格桑嘉措至西藏，1720年，灵童在拉萨坐床，这就是在西藏历史上产生过巨大影响的第七世达赖喇嘛。
为了稳定西藏地方局势，清朝政府废除了自第五世达赖喇嘛圆寂以来在西藏实行了长达四十余年之久的第司（执政首领）总揽西藏地方政权的制度，建立噶伦制，任命配合清军在剿除准噶尔战斗中表现出色的康济鼐·索南杰布为首席噶伦。
其他三名噶伦分别是贝子阿尔布巴·多吉杰布、辅国公隆布鼐·扎西杰布、僧官扎尔鼐-罗追杰布，命四人联合执政。
18世纪初期，西藏噶伦内乱。以阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐为首的三噶伦杀害了首席噶伦康济鼐。西藏政局又一次陷入危机。实际上，噶伦之间的矛盾早在噶伦制度建立初期就已经埋下了隐患。三人中，康济鼐及其支持者颇罗鼐来自阿里和后藏地区；阿尔布巴和隆布鼐来自工布和雅鲁藏布江下游地区，他们分别代表着不同的阶级和他们本阶级的利益，两派在维护地区集团利益上存在着很深的矛盾。1727年，矛盾终于爆发。阿尔布巴联合隆布鼐和扎尔鼐，设计杀害了康济鼐。此时，远在阿里的颇罗鼐闻讯后，义愤填膺，他向清朝雍正皇帝禀报西藏局势，同时起兵阿里，在清朝大军赶到拉萨之前平息了这场内乱，稳住了西藏局势。噶伦内乱被平息后，清朝任命颇罗鼐为总理西藏地方事务的噶伦，封为贝子。后被清朝政府封为郡王。此后，郡王制度在西藏延续了近二十年。
