1934年（康德元年）12月1日，为加强对地方政权的控制，伪满洲国当局将东北和内蒙古东部地区划为十四个省，兴安东分省随之改为兴安东省。
1940年扎兰屯办公处改为扎兰屯街公所，博克图努图克提升为行政公署。
1943年10月，伪满洲国取消兴安四省，建立兴安总省，省公署设在王爷庙（今乌兰浩特市），原兴安四省为总省派出机构，兴安东省随之撤销，布特哈旗划归兴安总省。1945年8月17日，苏联红军进驻扎兰屯，日伪政权随之垮台。这一时期，共产党在这一地区活动尚未公开，国民党鞭长莫及，无力接管。在这种复杂、特殊历史背景下，当地上层人物、绅士、富商积极活动，经苏联红军同意，建立了扎兰屯地方维持会，各努图克也建立了地方维持会。9月12日，扎兰屯地方维持会改为布特哈旗解放委员会。解放委员会设委员长、副委员长、顾问等职，下设总务、联络、复兴、宣传、救济、公安6个处，并在大河湾等地建立5个分区。12月4日，布特哈旗解放委员会宣告解体。原兴安东省地区的蒙古、达斡尔等少数民族上层人士和知识分子，共同建立兴安地区行政公署，归属筹建中的东蒙自治政府。兴安地区行政公署内设秘书室和总务、民政、实业、内防4个处，仍辖布、阿、莫、巴4个旗（喜扎嘎尔旗撤销）。
1945年冬至1946年春，中共嫩江省工委、中共中央东北局相继派夏辅仁、苏林以及张策、王盛荣等人来扎兰屯开展工作，并根据东蒙自治政府的指示，依靠达斡尔等民族上层人士和知识分子，于1946年3月27日在扎兰屯召开纳文慕仁盟人民代表大会，于5月3日建立纳文慕仁省政府，公署设在扎兰屯。5月13日，纳文慕仁省政府发布命令，撤销雅鲁县政府，建立布特哈旗政府。布特哈旗政府于7月25日正式办公，内设总务、行政、公安3个科。根据1946年4月3日乌兰夫在承德主持召开的“四。三“会议精神，东蒙自治政府决定将所辖各省政府一律改为盟政府，纳文慕仁省政府遂于6月27日改称为纳文慕仁盟政府，内设秘书、民政、实业、公安4个处。
1946年10月内蒙古自治运动联合会成立后，在扎兰屯设立了内蒙古自治运动联合会东蒙总分会驻扎兰屯办事处，为内蒙古自治运动联合会派驻机构。1947年4月23日内蒙古自治政府成立，东蒙总分会驻扎兰屯办事处随之撤销。
1947年5月1日后，归属内蒙古自治政府纳文慕仁盟政府领导。
1948年2月，根据内蒙古自治政府命令，恢复建立布特哈旗政府，归属纳文慕仁盟政府。8月7日，为精简机构，撤销布特哈旗政府，旗政府由纳文慕仁盟政府兼管，盟长兼任旗长。同月，建立城镇和农村两个中心区委，分别领导城镇和农村工作，1949年4月撤销。
1949年1月后，布特哈旗为呼伦贝尔盟（简称呼纳盟）辖区。4月11日，根据内蒙古自治区人民政府命令，纳文慕仁盟同大兴安岭西麓的呼伦贝尔盟合并，建立呼伦贝尔纳文慕仁盟（简称呼纳盟），4月23日，恢复建立布特哈旗政府，隶属于呼纳盟。
1950年1月23日，根据内蒙古自治区人民政府命令，布特哈旗所属博克图努图克（区）及所属巴林、雅鲁两嘎查（村）划归喜桂图旗（今牙克石市）。
1953年4月，根据内蒙古自治区人民政府命令，撤销呼纳盟政府，设立内蒙古自治区东部区行政公署。1954年4月内蒙古自治区人民政府决定撤销东部区行政公署，将这一地区的呼纳盟、兴安盟合并为呼伦贝尔盟，布特哈旗隶属于呼伦贝尔盟。
1956年5月9日，全旗行政区划进行重大调整，其中扎兰屯区改为扎兰屯镇，并将镇区划为东、南、西、北、中五个区。
1969年8月1日，布特哈旗随呼伦贝尔盟划归黑龙江省。
1979年7月复归内蒙古自治区。
1983年10月10日，经国务院批准，布特哈旗改建制为扎兰屯市，为县级市。
1984年9月25日，经内蒙古自治区人民政府批准，撤销扎兰屯镇，建立兴华、正阳、繁荣、向阳、铁东、河西6个街道办事处。
1986年2月国务院正式将扎兰屯市列为对外开放城市。
1988年内蒙古自治区建设厅邀请部分专家考察、评估、鉴定，确定扎兰屯市为“农副林产品加工业和风景旅游城市”，并将扎兰屯市辟为省级风景名胜区。
1997年夏，内蒙古自治区人民政府再次邀请国内专家对扎兰屯市旅游资源进行评估考察，10月，内蒙古自治区人民政府向国务院申报，申请将扎兰屯市列为国家风景名胜区。
2002年5月17日，国务院正式批准扎兰屯市为国家重点风景名胜区。
2003年12月9日，国务院正式批准扎兰屯市为中国旅游城市。
2005年被评为“中国特色魅力城市”。
2008年撤乡并镇后，全市辖9个乡镇（其中3个民族乡），7个办事处，1个自治区级工业开发区，1个风景名胜区管委会。
