唐朝及以后
唐朝在河西设肃、瓜、沙三州，河西全部归唐所属。贞观十四年（公元640 年），唐太宗李世民打败西突厥为主的骚扰军队，确保了丝路的畅通。唐代的敦煌同全国一样，经济文化高度繁荣，佛教非常兴盛。莫高窟开窟数量多达1000余窟，保存至今的有232窟。壁画和塑像都达到很高的艺术水平，贞观十九年（公元645年），唐玄奘到印度取经，经敦煌回到长安。
“安史之乱“以后，西南部的吐番王朝日益强盛，乘虚进攻河西，攻陷了凉州、甘州、肃州等地。沙州将士百姓坚持长达11年的抵抗，终因弹尽粮绝，以城降蕃。自此，吐蕃统治了全部河西，长达70多年。吐蕃也信佛教，莫高窟中唐洞窟中也保存了大量吐蕃时期的壁画艺术，藏经洞内保存了大量的吐蕃文经卷。
唐宣宗大中二年（公元848年），敦煌百姓不堪忍受吐蕃的统治，张议潮乘吐蕃王朝发生内乱之机，联络当地各族群众，聚众起义，一举光复了沙州。经过10 多年的斗争，全部收复了河西、河湟等地，并遣使奉表归唐。唐王朝封张议潮为河西、河湟十一州节度使，治沙州。
后来，朝廷诏张议潮入朝为官，沙州张氏宗族内乱。其孙张承奉叛唐自立“西汉金山国“，自称“金山白衣天子“。此时，甘州回鹘控制了河西走廊中部地区。“金山国“为打通东西交通，与回鹃交战，结果一败涂地。后回鹘攻打沙州，张承奉难以抵挡，只好投降。公元9l4年，金山国亡，沙州长史曹议金取代节度使地位，统领瓜、沙二州。曹氏统治期间，注意发展生产，重视经济、军事和文化建设，改善同周围各民族的关系，东交回鹘，西联于阗，与邻邦各国和睦相处，保持稳定和安宁，维持了130多年。
11世纪初，西北地区的党项族开兴起， 1028年打败甘肃的回鹘部落，继而攻陷瓜州、沙州，称霸河西，1038年建立西夏王朝，形成了宋、辽、西夏三足鼎立局面。在西夏统治敦煌的一百多年间，重视经济发展，使敦煌保持着汉代以来的“民物富庶，与中原不殊“。西夏统治者崇信佛教，不排斥汉文化，在文化艺术方面也有很大的发展。莫高窟和榆林窟至今保存着大量丰富而独特的西夏佛教艺术。举世闻名的“敦煌遗书“即在西夏统治时期（1036年）封藏于莫高窟第17窟内。
1206年，元太祖铁木真（成吉思汗）统一漠北各部族。1227年，蒙古灭西夏，攻克沙州等地，河西地区归元朝所有。此后，升敦煌为沙州路，隶属甘肃行中书省。后升为沙州总管府。元朝远征西方，必经敦煌。当时瓜、沙二州屯兵济济，营寨栉比，屯垦农兵遍布党河、疏勒河流域。敦煌呈现出经济文化十分繁荣的景象，和西域的贸易更加频繁。著名旅行家意大利人马可波罗就是这一时期途经敦煌漫游到中原各地的。元朝统治者也崇信佛教，莫高窟的开造得以延续。现存元代洞窟约10个。
朱元璋建立明朝以后，为扫除元残部，派冯胜率兵三路平定河西获胜，修筑了嘉峪关、明长城，重修肃州城，设置了关西七卫。1405年，在敦煌设沙州卫。后吐鲁番攻破哈密，敦煌面临威胁。明王朝又在沙州设置罕东左卫。1516年，敦煌被吐鲁番占领。 1524年，明王朝下令闭锁嘉峪关，将关西平民迁徙关内，废弃了瓜、沙二州。此后二百年敦煌成为“风播楼柳空千里，月照流沙别一天“的荒漠之地千里河西逐渐失去了昔日的光彩。
清康熙后期，清王朝渐次收复了嘉峪关外的广大地区。雍正三年（1725年），在敦煌建立沙州卫，并开始从甘肃各地移民2400户到敦煌垦荒定居，同时又迁吐鲁番、罗布泊大批兵民于沙州一带。雍正末，沙州已有耕地10万余亩，引党河水分10渠灌溉，农业很快的恢复，形成河西走廊西部的戈壁绿洲。到乾隆二十五年（1760年），改沙州卫升敦煌县，隶属安西直属州，直至辛亥革命。
1949年中华人民共和国成立后，敦煌一直是县府所在地。 1987年经国务院批准撤县设立敦煌市。1986年被国务院命名为“中国历史文化名城“。
