1206年，铁木真蒙古各部，在黑龙江源头召开大会，被尊为成吉思汗，他和子孙们建立了世界历史上最强大的帝国。蒙古人是室韦人的后代。1214年当蒙古与金在辽东与中原征战正酣时，牡丹江的女真族脱离金帝国中央政府，建立东夏国（东真国），东北边陲再度形成一个地区性的政治经济文化中心。1233 年南下的蒙古军占领东夏国的南京（今东宁大城子古城），紧接着捕获蒲鲜万奴，东夏国亡。
元朝建立以后，黑龙江上游流域居住着布里亚特蒙古族人，属于岭北省管辖。东北地区的女真族和辽东的契丹族、汉族归辽阳省管辖，后来元朝在黑龙江入海口（今俄罗斯伯力边疆区的庙街附近）设征东元帅府，属于辽阳省下设机构。元朝时期，进入华北的女真人、契丹人全部被汉化，只剩下了居住东北的女真人和契丹人作为民族还存在。契丹人在首领耶律留哥领导下居住辽阳省的辽东，由于辽东汉人过多，辽东契丹人也逐渐汉化，中亚契丹也融入当地突厥民族，契丹作为一个民族在历史上消失（听说达斡尔族是契丹后代，但不知道契丹人是怎么跑到大兴安岭北面去的？）。女真人住在辽东以北，当地汉族人口少，女真一直保持本民族特征，属于辽阳省开元路（吉林农安）管辖，分属于5个行政区域（军民万户府）。阿哈出是富锦的万户，猛哥帖木尔是依兰的万户，后来两个万户的居民南迁到绥芬河，又继续南迁到浑江流域，成为后来最著名的建州女真，其原来的居住地成了野人女真的天下。
1409年，汉族的明朝征服苦兀（库页岛），在元朝征东元帅府旧址（今庙街一带）设努尔干都司，管辖整个黑龙江流域，包括贝加尔湖以东的布里亚特蒙古族人。鄂霍茨克海沿岸、外兴安岭-大兴安岭一线以北、贝加尔湖以东的200万平方公里的土地上居住着鄂温克人（索伦人、雅库特人），所以明朝只管辖了鄂温克族部分地区而不是全部地区。努尔干都司下设115个卫，卫都是建立在原有氏族、部落基础上的，并任命其酋长担任长官。奴儿干满语为“国画”之意，表明这里山川秀丽，风景如画。其中著名的卫有（1）斡朵里卫，牡丹江口对岸的马大屯（2）阿速江卫，乌苏里江（3）亦速里河卫，乌苏里江（4）亦麻河卫，尼满河流域（5）建州卫，公元1403年置，建州左卫公元1412年置，初设于绥芬河下游（海参崴），后迁至浑江流域（鸭绿江支流）（6）速平江卫，绥芬河流域（7）双城卫，今俄罗斯的双城子（8）安河卫，五道河子牡丹江畔（9）麦兰河卫，穆棱河流域（10）毛怜卫，其初期也曾设在穆棱河（11）阿速江卫，宁安境内（12）木忽刺河卫、法因河卫，甫尔河卫，五虎林河流域；（13）忽儿海卫，牡丹江。
阿哈出迁移到今天的吉林通化一带，被朱元璋封为建州卫长官，猛哥帖木尔迁移到吉林龙井三合镇对面的朝鲜会宁，被朱棣封为建州左卫长官。后来猛哥帖木尔的弟弟凡察为右卫长官，猛哥帖木尔的小儿子董山为左卫长官，阿哈出的孙子李满住为建州卫长官。1467年明军杀董山和李满住。锡宝斋篇古是董山的弟弟，锡宝斋篇古的儿子是福满，福满的儿子是觉昌安，觉昌安的儿子是塔克世。后来王兀堂是左卫长官；王杲当右卫长官，王杲的儿子是阿台，阿台的女儿是努尔哈赤的母亲。觉昌安和塔克世是王杲的部下，在明军杀阿台时被误杀。1586年，努尔哈赤在抚顺东北杀掉尼堪外兰，后来灭掉通化西的完颜部、桓仁南的董鄂部、抚顺东的浑河部、清原西的哲陈部、吉林抚松的讷殷部和抚松东的朱合里部，统一建州女真。然后灭吉林省辉南的辉发部、吉林市的乌拉部、开原的哈达部和昌图北的叶赫部，统一海西女真。
1609年进攻窝集部，占领兴凯湖东、虎林一带的乌苏里江两岸；1614年进攻东海窝集部（库尔喀部），占领野猪河到纳德霍卡之间地区；1616年进攻瓦尔喀部，占领伯力一带的乌苏里江两岸。然后进攻黑龙江下游的使犬部和库页岛-乌第河的使鹿部，占领了努尔干都司治所，明朝在这里的统治终结，但这里的居民主要是赫哲族等非女真民族，女真对其控制不严，为后来沙俄入侵埋下了伏笔。后来征服了了松花江北的黑龙江呼尔哈部和黑龙江北的萨哈连部和布列亚河的萨哈尔查部，自此，野人女真全被征服，全女真民族实现统一。
皇太极后来征服了嫩江的蒙古族科尔沁部和外兴安岭-大兴安岭一线以西的鄂温克族、达斡尔族、锡伯族和结雅河两岸的鄂伦春族。这些非女真民族和黑龙江下游--库页岛的赫哲族都是黄色人种通古斯民族，女真也是通古斯民族。自此女真族的清帝国完成了统一东北的壮举，皇太极便在黑龙江省宁安市设宁古塔行政机构管辖整个黑龙江流域，取代了努尔干都司对黑龙江流域的统治。但是贝加尔湖以东的布里亚特蒙古族却未归顺，这是宁古塔不如努尔干都司的地方，也为尼布楚条约割让中国蒙古族的这一地盘埋下伏笔。
