清除宵小之徒，是为了起用德高望重的正直大臣。孝宗即位之初，就想起了刚直不阿的司礼监太监怀恩—因为支持言官抨击传奉官被先帝贬往凤阳，出于敬佩与倚重之心，把他召回。怀恩回来后，立即向孝宗建言：罢免阿谀万贵妃的佞臣，召还刚直方正的王恕。孝宗采纳了这一建议，召回已经致仕的南京兵部尚书，出任吏部尚书，让他负责领导班子的调整工作。
王恕在成化年间就以敢于直言极谏而闻名，先后应诏陈言二十一次，上疏建白三十九次，全力阻击佞幸。朝中官员都倾心仰慕，遇到朝廷大事难以决断，必定请王公表态。当时有这样的民谣：“两京十二部，独有一王恕。”佞幸大臣为之侧目，皇帝也颇为“厌苦”，给他一个太子少保的头衔，让他退休。
王恕历任巡抚、侍郎，直至尚书，都在留都南京，一直不受重用，其原因正如《明史·王恕传》所说：“以好直言，终不得立朝。”退休以后，名声愈加高涨，言官推荐几无虚日。孝宗顺应舆论起用王恕为吏部尚书，顺应了舆论。
王恕刚刚抵达北京，很有政治头脑的翰林院庶吉士邹智，向他提醒：以往大臣不能会见皇帝，所以朝廷事事苟且。先生应该先请求皇帝召见，一一指出时政的弊端。
王恕在皇帝面前畅所欲言，很好地履行了吏部尚书的职责。他向皇帝说，从正统年间以来，皇帝每日只上朝一次，臣下觐见不过片刻。圣主虽然聪明，那里能够尽察大臣贤能与否？希望陛下每天下朝以后，前往便殿，召见大臣，详细讨论治国之道，谋划大政方针。孝宗采纳了这个建议，从弘治元年（1488）三月开始，早朝之外，增加了午朝，皇帝在文华殿接见大臣。被接见的大臣可以当面向皇帝陈述政见，皇帝详细询问，作出裁决。
孝宗起用的另一位名臣，是学者型官僚丘浚。
丘浚幼年丧父，由寡母李氏教导，读书过目成诵。家贫无书，常常走数百里借书。苦读的结果，是乡试考了第一名。景泰五年（1454）成为进士，在翰林院工作，见闻愈加广阔，熟悉国家典章制度，以经济之才自负。成化元年（1465）朝廷在两广用兵，丘浚向内阁大学士李贤上书，洋洋数千言，指陈形势。李贤很欣赏，推荐给皇帝，皇帝命人抄录，发给总兵、巡抚参考。丘浚因此而声名鹊起，晋升为礼部右侍郎兼国子监祭酒。
他鉴于真德秀的《大学衍义》关于“治国平天下”的内容有所欠缺，博采群书予以补充，写了一本《大学衍义补》，阐述“四书”之一的《大学》关于治国平天下的道理，重点在于治国的方略。比如，他讲到从唐代以来，朝廷财政仰赖于江南已见端倪，到了明代江南已经成为财赋重地，唤起朝廷对江南的重视，极具政治家见识。弘治元年（1488），他把此书呈献给皇帝，孝宗看了非常欣赏，批示说：“考据精详，论述该博，有辅政治。”随即指示礼部出版此书。用这样的语言品评一本著作，显示了品评者自身的学术功底，这与他太子时代受到的系统经史训练，以及自己的文化追求有关。由于皇帝的器重，丘浚晋升为礼部尚书，奉命编撰《宪宗实录》。弘治四年（1491）书成，以礼部尚书兼文渊阁大学士，参与机务，开创了尚书进入内阁的先例。当时他已经七十一岁了。
丘浚没有辜负皇帝的信任，屡屡上疏，触及时政的弊端。他指出：陛下端正自身作为立朝之本，清心寡欲应对政务，谨慎对待喜好不流于异端，节约开支不至于耗费国力，任用官员出于公心不失于偏听，禁止拉关系以严肃内政，提倡义理以杜绝奸佞。这样可以消除天灾人祸，实现帝王之治。这位著名学者写得兴起，一共拟了二十二条，洋洋万言。好学的孝宗耐心批阅，给予高度评价：“切中时弊”。
