明成祖朱棣为了粉饰夺取帝位的合法性，指使臣下掩盖历史真相，销毁建文时期的政府档案，禁止关于这一事件的一切记叙。光有掩盖还不够，必须篡改历史。于是，这场政变被描绘成这样：建文四年六月，“靖难”的军队打到南京金川门，“建文君欲出迎，左右悉散，惟内侍数人而已，乃叹曰：‘我何面目相见耶！’遂阖宫*”。史家的春秋笔法已经显露无遗，对朱允炆既不称惠帝，也不称建文帝，而径直改称“建文君”，以表示他并不是帝位的合法继承人；因为无脸见人，才畏罪自杀。燕王朱棣则显得高风亮节，捐弃前嫌，立即派遣太监前往救援，无奈来不及，太监把“建文君”的尸体从火中找出，报告燕王，燕王哭着说：果然如此痴呆？我来是为了帮助你做好皇帝，你竟浑然不觉，而走上绝路！这分明是史官的粉饰之言。
假如建文帝不“自焚”，也必死无疑。事实上朱棣上台后，对建文帝的亲信大臣如齐泰、黄子澄、方孝孺等，展开了一场又一场大屠杀，被人称为“瓜蔓抄”。其残酷的程度可与乃父朱元璋惩处胡惟庸、蓝玉党案相媲美。
明末文坛领袖钱谦益的《有学集》中有一篇《建文年谱序》，这样写道：他在史局（国史馆）工作三十余年，博览群书，唯独对于“建文逊国”（官方对于朱棣夺取帝位的一种标准宣传口径）一事，搞不清楚，而伤心落泪。原因有三：一是《实录》无征，二是传闻异辞，三是伪史杂出。因此他称赞赵士喆所编《建文年谱》，荟萃诸家记录，再现真相，感人至深，“读未终卷，泪流臆而涕渍纸”。可见从明初到明末，始终有人在探求建文帝的生死之谜。
就连明成祖朱棣自己也不相信建文帝真的死了。《明史·胡传》记载，朱棣怀疑建文帝逃亡，派遣户科都给事中胡，以寻访仙人张邋遢（张三丰）为名，暗中侦查建文帝的踪迹。
胡在外十四年之久，回朝后，把打听到的民间隐秘与传闻，向皇帝报告，终于使他的怀疑冰释。《明史·胡传》如此写道：“先，（胡）未至，传言建文帝蹈海去，帝分遣内臣（太监）郑和数辈，浮海下西洋。至是，疑始释。”
你看，朱棣如果相信建文帝已经自焚而死，何必如此兴师动众呢？明清史专家孟森在《建文逊国事考》中说：如果建文帝已经自焚而死，“何必疑于人言，分遣胡、郑和辈海内海外，遍行大索，大索至二十余年之久？”
即使明成祖朱棣的子孙后代也认为建文帝的下落是个谜。明神宗朱翊钧就是一例。他即位伊始，曾下诏为被杀的建文朝大臣建祠庙祭祀，并颁布《苗裔恤录》，对他们的后裔给予抚恤。看来他对被明成祖赶下台的建文帝颇有一点追怀敬仰之情。
万历二年十月十七日，他在文华殿与内阁大学士们谈起建文帝的事，提出了一个思虑已久的问题：听说建文帝逃亡，不知真伪如何？再次提出了明朝的第一号无头公案。内阁首辅张居正如实回答：我朝的国史没有记载这件事，听前朝故老相传，说靖难之师进入南京城，建文帝化装逃亡。到了正统年间，有一个老和尚在云南驿站壁上题诗一首，有“沦落江湖数十秋”之句。御史召见此人询问，老僧坐地不跪，说：我想叶落归根。查验后才知道是建文帝。张居正的这一说法，记载在《明神宗实录》，与祝允明《野记》所说大体相同，可见在明中晚期，关于建文帝的下落已经不再忌讳，事实的真相逐渐明朗。看来，明人野史关于建文帝逃亡生涯的记载，并非向壁虚构。不妨将其始末简单勾勒如下。
