药师佛的背光上则是西方三圣，中为药师佛，左右各为日光、月光二菩萨。中隔正壁的背面塑有三大菩萨。观音高坐在龙台之上，左为文殊菩萨骑青狮，右为普贤菩萨骑白象。中隔北壁间，正面是地藏菩萨，背墙上是地藏变。北壁间背面是十六臂观音像，像后壁上则是妙善公主剜眼割手为父治病的经典故事。中隔南壁间，正面是药王菩萨，壁上则是我国历代名医像。药王菩萨两侧各有一小殿，分别供奉药王孙思邈和神医华佗。南壁向背面则是孔雀灵王的塑像，身后为孔雀灵王的经典故事。
水陆庵大殿内的彩色泥塑最为引人注目，相传出自于唐代著名雕塑家杨惠之亲手。其中以南北墙上的泥塑最为精彩，它采用连环画的形式，演绎了佛祖释迦牟尼一生传略故事，十分生动逼真。泥塑有山水桥梁、园林瀑布、亭台楼阁和殿宇宝塔等建筑，有诸佛菩萨、二十四诸天、五百罗汉过海、千人听经图、释迦牟尼涅槃塑像，还有鸟、兽、麒麟等。整体布局严整，惟妙惟肖，充分显示了我国古代巨匠丰富的想象力和高超的雕塑技巧。1957年水陆庵被公布为陕西省重点文物保护单位，并修筑了直达水陆庵的公路。从1960年起国家多次拨款修建。现在水陆庵建筑已全部整修，大殿“水陆庵”3字为当代书法家赵朴初所写。到水陆庵游览，对于学习继承祖国古代文化艺术，对于研究古代佛教、雕塑、建筑、工艺、民俗、民情等都有重要的价值和教益。
