到了清代，清初的皇帝励精图治，巩固了边疆民族地区的统治。乾隆皇帝为了加强对西藏的管理，受明代抽签选官的启发，将之用在活佛转世制度上，可以说是一种绝妙的方法，体现了乾隆皇帝的政治智慧。而金瓶掣签借用神意，裁判出活佛的转世灵童，又符合蒙藏人民的宗教信仰及传统的民俗习惯，为广大僧俗普遍接受。
乾隆五十七年（1792年），清朝在击退廓尔喀侵藏后，着意加强对西藏的管理。乾隆皇帝下令在拉萨大昭寺及北京雍和宫内各设一“金本巴瓶”（本巴，藏语，瓶子。金本巴瓶即金瓶）。规定，凡蒙藏地区活佛有呼毕勒罕转世时，都必须按照清朝廷规定的程序进行金瓶掣签。此举在实践中严密了举行的程序和仪轨。
在清代，确定达赖和班禅转世灵童的程序和仪轨是：在寻访灵童后，由摄政召集僧俗官员，确定三名（或二名、四名）呼毕勒罕候选人，向驻藏大臣详细禀报，请求转奏皇帝批准举行金瓶掣签。皇帝御准后，将确定的呼毕勒罕候选人及其亲属、师傅等接到拉萨，由驻藏大臣、摄政、各大呼图克图验证，确有灵异后，方能举行掣签。在掣签前，将金本巴瓶从大昭寺迎到布达拉宫供有乾隆皇帝的僧装画像和皇帝万岁牌位的萨松南杰殿，由大呼图克图率三大寺及布达拉宫南杰扎仓僧众（确定班禅转世灵童时还有扎什伦布寺僧人）诵经祈祷7天或9天。然后可以举行掣签典礼。各参加掣签典礼者依次在皇帝圣容前就座。由驻藏大臣衙门的满印房官员将选中幼童的出生年月日、姓名，用满、藏文字分别书写在一个象牙签上，由众喇嘛、驻藏大臣等官员共同核阅。然后，满印房的官员将象牙签用黄纸包好，放在瓶前。驻藏大臣走到瓶前，行一跪三叩首礼，双手将象牙签举过头顶放入瓶内，将金瓶摇晃旋转两次，盖上瓶盖。由众喇嘛念经完毕，驻藏大臣再行一跪三叩首礼，跪启瓶盖，摇晃旋转金瓶，抽出一根象牙签，当着众人的面拆开黄纸，高声宣布转世灵童的名字，传示所有在场的满藏官员、僧俗人士一起阅看。最后，将未掣出的象牙签全部拆看，传示给现场的众人，消除众人的疑虑，以示公允。之后，即派人向转世灵童报信祝贺。驻藏大臣则把掣签的情形和结果上奏皇帝，待皇帝批准后，向转世灵童宣读圣旨，正式完成金瓶掣签的全部程序。
从中可以看出，金瓶掣签有一套严格的仪轨程序，可以说，金瓶掣签具有了神判文化的全部属性：释。所以，金瓶掣签具有不可动摇的权威性，是“最高的和最后的裁决手段”。
可以说，金瓶掣签顺应了藏族的宗教习俗，将清朝的统治权与神判习俗巧妙结合起来，由清朝的统治者担任神判仪式的主持人。这样，清朝的统治者通过神判的仪式性、权威性、威慑性取得了蒙藏地区广大僧俗的信任。蒙藏人民毫不怀疑金瓶掣签的真实性、权威性，每当金瓶掣签掣出转世灵童时，众人都感激喜悦，倾心信佛， “齐声呼喊‘拉嘉洛’（神胜利了）”。[14]金瓶掣签这一神判行为遂转化成公众意志，在实践中形成了一套公认的、严格规范化的操作程序，担负了法律的功能。
在清代实行的金瓶掣签，很好地保证了藏传佛教活佛转世制度的圆满完成，深获蒙藏高僧、僧俗群众的信奉。据不完全统计，自乾隆皇帝制定金瓶掣签制度，直到光绪三十年（1904年），仅西藏地区就有39位格鲁派、噶举派、宁玛派等活佛转世系统的灵童举行过金瓶掣签。说明金瓶掣签与藏族的神判习俗、藏传佛教的活佛转世制度涵化，已成为西藏广泛的群众信仰，是神的意志在人间的体现。
